Dois anos após o ataque de Helghast a Vekta, o ISA está levando a luta para o lar inimigo do inimigo, Helghan. O objetivo da ISA é direto: capturar o líder dos Helghast, o Imperador Visari, e fazer com que a máquina de guerra Helghast pare. Assumindo o papel de Sev, um veterano de batalha e um membro da unidade de forças especiais conhecida como Legião, os jogadores lideram um grupo de soldados altamente treinados em uma missão para acabar com a ameaça Helghast. Para Sev e seu esquadrão, a invasão de Helghan é apenas o começo. Com a tarefa de garantir Pirro, a Capital City, a equipe rapidamente descobre que os Helghast são um inimigo formidável em seu planeta natal. Não apenas se ajustaram às condições hostis do planeta, como também aproveitaram uma fonte de energia que agora podem usar contra o ISA. Sev descobre que seu esquadrão não está apenas lutando contra forças inimigas, seu oponente mais feroz pode ser o próprio planeta.